Изначально все пассажиры, вылетающие из второго терминала, проходят общий досмотр при входе в терминал с помощью сканера и рамки металлоискателя. Сотрудники службы авиационной безопасности проводят ручной досмотр каждого пассажира, заставляя снимать обувь и любые металлические предметы, в том числе кольца и цепочки. При любом подозрении багаж также подвергается ручному досмотру.
После прохождения регистрации, сдачи багажа и паспортного контроля, пассажиров ожидает еще один досмотр в "чистой" зоне терминала. На этом этапе контроля для пассажиров, вылетающих в Москву, предусмотрена отдельная зона. Сотрудники повторно проводят ручной досмотр каждого пассажира, а ручную кладь в большинстве случаев "прокатывают" через сканер два раза. За действиями египетских сотрудников тщательно наблюдают два специалиста авиационной безопасности из России. Всего в воздушной гавани, как сообщалось ранее, будут находиться восемь российских специалистов по авиабезопасности, они также будут контролировать подготовку самолетов к рейсу.
Последний этап досмотра пассажиров ожидает уже непосредственно перед посадкой на борт воздушного судна. Возле выхода на посадку египетские сотрудники проверяют в ручном режиме без применения сканеров и рамок личные вещи пассажиров, в том числе, покупки, совершенные в Duty Free. Подозрительные на их взгляд предметы проверяют с помощью этамайзера – прибора, способного запоминать запахи. С его помощью можно провести по руке или одежде лоскутом спецткани, затем поместить его в камеру этамайзера и проверить, не соприкасался ли пассажир с таким веществом, которое может быть опасно.
При этом египтяне делают все медленно, но тщательно, поэтому в аэропорт лучше приезжать заранее.
Россия 11 апреля 2018 года возобновила авиасообщение с Египтом после более чем двухлетнего перерыва. "Аэрофлот" выполняет рейсы Москва – Каир три раза в неделю – по понедельникам, средам и субботам, обратно – по вторникам, четвергам и воскресеньям. Национальный перевозчик Египта EgyptAir совершает между столицами Египта и России три регулярных рейса в неделю – по вторникам, четвергам и воскресеньям. Обе компании используют на маршруте самолет Airbus A320.
Авиасообщение между РФ и Египтом было прервано в ноябре 2015 года. Решение приняла российская сторона после крушения над Синаем самолета авиакомпании "Когалымавиа", летевшего из Шарм-эль-Шейха в Санкт-Петербург. На его борту находились 217 пассажиров и семь членов экипажа, все погибли. ФСБ впоследствии квалифицировала катастрофу как теракт, назвав ее причиной взрыв бомбы на борту лайнера. О принципиальной готовности РФ к возобновлению авиасообщения между Москвой и Каиром президент Владимир Путин заявил в декабре 2017 г.
