В Тобольском кремле церковь проводит так называемые «реставрационные» работы и приспособление памятников XVII–XIX веков для повседневных хозяйственных нужд В Тобольске разразился скандал вокруг музея, сотрудники которого отказались демонтировать и перевозить экспозиции и фонды из Архиерейского дома на территории Тобольского кремля. Здание музея планируется отремонтировать и затем, возможно, передать его Тобольско-Тюменской епархии РПЦ МП. При этом, по мнению сотрудников, музей может понести невосполнимый урон.