Национальный музей естественной истории Мозамбика был основан в 1913 году как провинциальный краеведческий музей. Основателем музея считается португальский капитан Альберто Граса, преподаватель школы 5 Октября, где изначально и размещалась небольшая подборка артефактов, повествующих об истории и природе Мозамбика.
Один из главных памятников исторического центра Мапуту – крепость Носса-Сеньора-да-Кунсисанью, расположенная на площади 25 июня, рядом с местным портом. Она представляет собой четырехугольное укрепление, построенное из красноватого камня.
Национальный музей искусств Мапуту, также известный как MUSART, находится на проспекте Хо Ши Мина в трехэтажном современном здании, выкрашенном в белый цвет. В этом музее собрана прекрасная коллекция картин и скульптур лучших современных художников Мозамбика.
Музей Революции, занимающий пятиэтажное здание, построенное в стиле модерн в 60-х годах прошлого века, расположен на авениде 24 июля, напротив сада Мадгерманеса. Музей посвящен истории борьбы за независимость страны от португальских колонизаторов.
В Мозамбике работает около 20 музеев, но лишь некоторые из них соответствуют международным требованиям. К ним относится и Национальный музей геологии, который был открыт в 2001 году с целью сбора и демонстрации минералов страны широкой публике.