В самое ближайшее время произойдут наиболее значительные перемены за всю современную историю Национального музея. Спустя 120 лет Музей переедет из здания на Вацлавской площади, которое стало его символом. Предполагается, что до 2011 года все экспонаты будут из здания вывезены, и там начнется реконструкция. В следующем году начнется строительство тоннеля, который соединит старое здание с новым, куда будут перемещены экспонаты. Тоннель облегчит процесс переезда. Так что пока знаменитый скелет кита или же коллекция минералов будут отлеживаться в запасниках, постоянные экспозиции Музея, на которые ежегодно приходят посмотреть сотни тысяч гостей, переедут на новое место – в здание бывшего Федерального собрания, где в последние годы находилась радиостанция «Свободная Европа». После 2015 года Национальный музей вернется на свое место, и тогда уже на ремонт отправится здание Федерального собрания.
